Ууухх. Утром на почту получаю письмо следующего содержания:

Одно письмо меня бы не смутило, но в ящике их было сотни, учитывая, что в кроне скриптик снимает показания с сетевого интерфейса раз в 5 минут. Как с этим бороться?

Конечно, базу не вернуть, она канула в лету (ну или я просто до конца не разбирался) В итоге было найдено решение, к тому же очень простое:

# rm -rf /var/db/vnstat
# vnstat -u -i re0