Поменял на досуге компилятор для системы.

Что имеем:

$ uname -a
FreeBSD proliant 9.2-STABLE FreeBSD 9.2-STABLE #0 r256720: Fri Oct 18 15:35:32 MSK 2013     vovas@proliant:/usr/obj/usr/src/sys/PROLIANT  amd64
$ clang -v
FreeBSD clang version 3.3 (tags/RELEASE_33/final 183502) 20130610
Target: x86_64-unknown-freebsd9.2
Thread model: posix
$

Далее добавил в /etc/make.conf строки:

CC=clang
CXX=clang++
CPP=clang-cpp

И пересобрал все порты перед пересборкой мира:

$portmaster -fa

Все переустановилось без ошибок. В следующий раз попробую пересобрать мир с этим компилятором, заодно замерю в течении какого времени вся эта операция пройдет:

$ rm -rf /usr/obj && time make -j2 buildworld

Бывает, что при обновлении портов задав команду:

pkg_version -v | grep "need"

Вылетает ошибка такого рода:

pkg_version: corrupted record (pkgdep line without argument), ignoring

Для ее решения я использовал эту статейку. Пользуюсь я portmaster'ом. Итак для начала выполним проверку зависимостей:

portmaster --check-depends

У меня вылезло вот это:

===>>> Checking phpMyAdmin-3.4.3.2
        ===>>> archivers/php5-zip is listed as a dependency
        ===>>> but there is no installed version
        ===>>> Delete this dependency data? y/n [n] y

Я удалил это недоразумение, теперь выполняем следующую команду:

portmaster -Da

Portmaster предложит обновить необходимые порты. Жмем "y" и ждем окончания. Так как я удалил перед этим php5-zip, необходимо его установить. Во всяком случае для меня это критично.